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益生菌及其代谢物可以形成多种保健功效。厌氧发酵的水果酵素中至少有30种益生菌。如果厌氧环境品质够高，甚至会有青春双歧杆菌、植物乳杆菌、陆氏乳杆菌这些精英益生菌。显然，水果酵素具有活性益生菌食品的通用功效。如清肠、平衡肠道菌群和提高免疫力。

合理制作的酵素这方面的保健功比酸奶要强太多。酸奶中参与发酵的活性乳酸菌只有两种。嗜热链球菌和保加利亚乳酸杆菌保健功效都比较垃圾。它们与青春双歧杆菌、植物乳杆菌、鼠李糖杆菌这些精英乳酸菌的保健功效是不可同日而语的。

水果酵素保健功效中，萃取的药用成分应该是非常重要的主项。果蔬制作成的酵素所含的主要药用成分各不相同，保健功效自然也不会一样。有些水果酵素的功效甚至是相反的。

服用酵素养生的人，应该根据自己的身体状况选择合适的种类重点服用。